近日，中國農業科學院北京畜牧獸醫研究所飼草育種與栽培科技創新團隊完成了我國自主選育的高產優質紫花苜蓿“中苜4號”基因組的測序組裝，該基因組是世界上首個組裝到同源染色體水平的紫花苜蓿育成品種基因組，在該基因組基礎上還完成了國內外220份紫花苜蓿核心種質材料重測序和重要農藝性狀的全基因組關聯分析。相關研究成果發表在《基因組蛋白質組與生物信息學報（Genomics Proteomics & Bioinformatics）》上（遺傳學一區Top期刊）。   　　紫花苜蓿含有豐富的蛋白質等營養物質，是世界上最重要的牧草，被譽為“牧草之王”。長期以來，由于缺乏完整的基因組信息和重要農藝性狀關聯分子標記定位，紫花苜蓿新品種培育進程受到制約。該研究結合三代和二代測序數據組裝獲得2.74 Gb contig序列（N50：2.06 Mb，BUSCO：98.4%，LAI：13.85），利用Hi-C測序數據將其中2.56 Gb序列錨定到32條染色體上（紫花苜蓿：2n=4x=32），基因組注釋獲得146,704個編碼蛋白基因，在同源染色體之間共鑒定到34,922個等位基因。以“中苜4號” 同源染色體水平基因組為參考序列，結合220份國內外紫花苜蓿核心種質材料重測序數據，篩選獲得111,075個高可信度SNP標記。全基因組關聯分析獲得101個與秋眠性、耐鹽性、營養品質等27個重要農藝性狀顯著關聯的SNP標記。該研究為苜蓿遺傳改良和新品種選育提供了重要支撐。 　　圖  中苜4號基因組組裝質量評估及注釋信息圈圖   　　中國農業科學院北京畜牧獸醫研究所為該研究第一完成單位。龍瑞才副研究員和張帆博士研究生為論文共同第一作者，楊青川研究員、康俊梅研究員、王珍研究員為共同通訊作者。   　　該研究得到中國農業科學院創新工程、國家牧草產業技術體系等項目的資助。   　　原文鏈接：https://doi.org/10.1016/j.gpb.2022.01.002