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中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院茶葉研究所發(fā)布茶樹基因組變異數(shù)據(jù)庫

放大字體  縮小字體 發(fā)布日期:2022-12-08 00:02:18    來源:云推B2B網(wǎng)    作者:云推小編    瀏覽次數(shù):748    評論:0
導(dǎo)讀

隨著高通量測序技術(shù)的發(fā)展,不同茶樹種質(zhì)資源的組學(xué)數(shù)據(jù)呈爆發(fā)式增長。為實現(xiàn)茶樹種質(zhì)資源基因型的數(shù)字化鑒定與管理,中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院茶葉研究所聯(lián)合麗水市農(nóng)林科學(xué)研究院、韓國國立園藝與草本研究院、阿塔圖爾克大學(xué)等單位,開發(fā)完成茶樹基因組變異數(shù)據(jù)庫TeaGVD。

  隨著高通量測序技術(shù)的發(fā)展,不同茶樹種質(zhì)資源的組學(xué)數(shù)據(jù)呈爆發(fā)式增長。為實現(xiàn)茶樹種質(zhì)資源基因型的數(shù)字化鑒定與管理,中國農(nóng)業(yè)科學(xué)院茶葉研究所聯(lián)合麗水市農(nóng)林科學(xué)研究院、韓國國立園藝與草本研究院、阿塔圖爾克大學(xué)等單位,開發(fā)完成茶樹基因組變異數(shù)據(jù)庫TeaGVD。相關(guān)成果以TeaGVD: a comprehensive database of genomic variations for uncovering the genetic architecture of metabolic traits in tea plants為題,發(fā)表在Frontiers in Plant Science(《植物科學(xué)前沿》)上。     該數(shù)據(jù)庫整合鑒定超過7,000多萬的基因組變異位點、1,229份茶樹資源的基因型數(shù)據(jù)、464種代謝物的表型數(shù)據(jù)和17,974個基因型-表型關(guān)聯(lián)位點。該數(shù)據(jù)庫主要用于茶樹種質(zhì)資源基因組變異(SNP和InDel)的數(shù)字化管理與大數(shù)據(jù)在線分析,能夠根據(jù)基因組位置、基因信息、材料比較、基因或變異編號等不同的策略檢索基因組SNP和InDel。通過本平臺還能夠?qū)崿F(xiàn)茶樹種質(zhì)資源的代謝表型查詢及GWAS分析,快速挖掘性狀相關(guān)的SNP和InDel位點。此外,本平臺還整合了在線Blast、序列提取、引物設(shè)計、群體遺傳分析等工具。     茶樹基因組變異數(shù)據(jù)庫為茶樹種質(zhì)資源的創(chuàng)新利用與共享提供了一個友好的平臺,將推動茶樹育種進入數(shù)字化、智慧化設(shè)計育種新時代。     該研究在國家重點研發(fā)計劃、浙江省自然科學(xué)基金、浙江省農(nóng)業(yè)新品種選育重大科技專項等項目的資助下完成。我所陳亮研究員與姚明哲研究員為共同通訊作者,陳杰丹副研究員與麗水市農(nóng)林科學(xué)研究院何衛(wèi)中研究員為共同第一作者。
 
關(guān)鍵詞: 茶葉,基因,管理,食品安全
(文/云推小編)
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