近日,由內蒙古農業大學乳品生物技術與工程教育部重點實驗室完成的“深度混合宏基因組測序挖掘腸道微生物低豐度物種”研究成果發表于腸道微生物領域權威雜志《Gut Microbes》(中科院一區,腸道微生物領域Top期刊),題目為“Hybrid, ultra-deep metagenomic sequencing enables genomic and functional characterization of low-abundance species in the human gut microbiome”(DOI:10.1080/19490976.2021.2021790)。
該研究采用Illumina與Pacbio混合、超深度宏基因組測序的方法,首次聚焦于發掘腸道中的低豐度物種基因組的功能特征,組裝得到475個宏基因組組裝基因組(MAG),包括287個低豐度和77個極低豐度基因組。同時,該研究發現微生物基因組生長速率、選擇壓力及染色體可移動遺傳元件頻率存在個體異質性,鑒定出數千個染色體外的可移動遺傳元件,包括5097個噬菌體和79個新的質粒基因組,為理解腸道生態學和腸道菌群的功能特征提供了新見解。
該項目由國家自然科學基金國際合作重點項目(31720103911)、國家現代農業產業技術體系和內蒙古科技重大專項(2021ZD0014)資助。