華中農業大學作物遺傳改良國家重點實驗室李興旺教授課題組研究成果以“Diurnal RNAPII-tethered chromatin interactions are associated with rhythmic gene expression in rice”為題在Genome Biology發表。研究繪制了水稻晝夜動態變化的高分辨率三維基因組圖譜，系統闡釋了晝夜動態變化的三維基因組結構對節律基因轉錄調控的影響。
課題組前期系統地解析了水稻等模式植物不同組織的線性表觀基因組和三維基因組結構這些相對“靜態”的核內染色質組織形式。事實上，真核生物的三維基因組結構隨時序（如晝夜節律 、 發育階段等）發生動態變化，影響基因表達的種類和強度。因此，需要選擇一個理想的系統，來研究三維基因組結構動態變化規律及其功能。地球自轉產生的晝夜更替引起了光照和溫度等環境的周期性變化，高等生物也演化出了與之相適應的內源性晝夜節律生物鐘。生物鐘產生以大約24 小時為周期的振蕩變化，參與調控水稻中超過1/3活躍表達的基因，是生長發育、新陳代謝和激素信號傳導等生命活動過程中重要的內源性基因表達調控系統。因此，水稻的節律鐘生物學不僅本身是一個重要的研究領域，同時也是研究三維基因組結構動態變化與基因表達調控的理想模型。
ChIA–PET analysis defines the RNAPII interactome in rice during a circadian cycle
RNA聚合酶II（RNAPII）是真核生物基因轉錄的核心亞基，關鍵轉錄元件。在本研究中，首先繪制了RNAPII在一天中不同時間點的順反組圖譜，顯示35%的RNAPII占位在一天中呈現節律變化，再結合節律轉錄組數據，發現RNAPII信號水平與節律基因的表達水平呈現顯著正相關性，且RNAPII招募過程比mRNA積累提前2小時。隨后，利用改進的Long-read ChIA-PET技術，構建了RNAPII介導的晝夜染色質交互圖譜，系統分析了在不同的三維結構尺度下對節律基因轉錄的影響。
研究結果顯示，在染色質環水平，RNAPII在早晚分別介導了20,667和21,001個染色質遠程互作，其中32,697（91%）個遠程交互是早晚特異的。且一天中相同或鄰近相位的節律基因傾向于在空間上聚集在一起，進行協同表達。從同一個基因位點發出的染色質環形成染色質空間交互簇（CSC），研究發現節律表達基因傾向于富集在早上特異的CSC，而非節律基因傾向于富集在晚上特異的CSC。晝夜染色質交互網絡分析表明，核心節律鐘基因在早上均分布在RNAPII介導的染色質連接網絡中，而在晚上則是分散開來、零星散布在較小的染色質連接網絡中，這表明核心節律鐘基因在早上彼此空間上相互接近進行協同轉錄，而在晚上則是位于離散的“轉錄工廠” 中。這些晝夜動態變化的水稻高分辨率三維基因組學研究和對節律基因的互作調控信息，有助于我們深入理解水稻不同空間尺度上DNA 順式調控元件之間相互作用的節律變化規律，進而闡明其調控基因節律表達和重要農藝性狀的機理，為水稻遺傳改良和其他經濟作物的研究提供重要的指導意義和科學價值。
華中農業大學博士后鄧利和博士研究生高白白為論文共同第一作者。生命科學技術學院李興旺教授為通訊作者，信息學院李國亮教授參與了課題指導。研究得到了國家重點研發計劃、國家自然科學基金，中國博士后科學基金、中央高校基本科研專項資金以及作物遺傳改良國家重點實驗室自主課題等項目和基因組研究與水稻遺傳改良創新團隊的支持。
審核人：李興旺
【英文摘要】
Background: The daily cycling of plant physiological processes is speculated to arise from the coordinated rhythms of gene expression. However, the dynamics of diurnal 3D genome architecture and their potential functions underlying rhythmic gene expression remain unclear.
Results: Here, we reveal the genome-wide rhythmic occupancy of RNA polymerase II （RNAPII）， which precedes mRNA accumulation by approximately 2 h. Rhythmic RNAPII binding dynamically correlates with RNAPII-mediated chromatin architecture remodeling at the genomic level of chromatin interactions, spatial clusters, and chromatin connectivity maps, which are associated with the circadian rhythm of gene expression. Rhythmically expressed genes within the same peak phases of expression are preferentially tethered by RNAPII for coordinated transcription. RNAPII-associated chromatin spatial clusters （CSCs） show high plasticity during the circadian cycle, and rhythmically expressed genes in the morning phase and non-rhythmically expressed genes in the evening phase tend to be enriched in RNAPII-associated CSCs to orchestrate expression. Core circadian clock genes are associated with RNAPII-mediated highly connected chromatin connectivity networks in the morning in contrast to the scattered, sporadic spatial chromatin connectivity in the evening; this indicates that they are transcribed within physical proximity to each other during the AM circadian window and are located in discrete “transcriptional factory” foci in the evening, linking chromatin architecture to coordinated transcription outputs.
Conclusion: Our findings uncover fundamental diurnal genome folding principles in plants and reveal a distinct higher-order chromosome organization that is crucial for coordinating diurnal dynamics of transcriptional regulation.
論文鏈接：https://genomebiology.biomedcentral.com/articles/10.1186/s13059-021-02594-7
