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中國農業(yè)科學院作科所在水稻泛基因組研究取得新進展

放大字體  縮小字體 發(fā)布日期:2022-04-25 00:27:10    來源:云推B2B網    作者:云推小編    瀏覽次數(shù):922    評論:0
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近日,中國農業(yè)科學院作物科學研究所水稻分子設計技術與應用創(chuàng)新團隊與上海交通大學合作,基于111份代表性水稻資源的二代和三代全基因組測序數(shù)據(jù),構建了高質量水稻泛基因組,獲得了9個水稻代表性群體的高質量參考基因組,其中包括5 個無缺水稻基因組,相關數(shù)據(jù)對深度挖掘基因組變異和優(yōu)良基因,培育突破性的水稻新品種具有重要意義。

  近日,中國農業(yè)科學院作物科學研究所水稻分子設計技術與應用創(chuàng)新團隊與上海交通大學合作,基于111份代表性水稻資源的二代和三代全基因組測序數(shù)據(jù),構建了高質量水稻泛基因組,獲得了9個水稻代表性群體的高質量參考基因組,其中包括5 個無缺水稻基因組,相關數(shù)據(jù)對深度挖掘基因組變異和優(yōu)良基因,培育突破性的水稻新品種具有重要意義。相關研究成果在線發(fā)表在《基因組研究(Genome Research)》期刊上。     據(jù)王文生研究員介紹,該團隊于2018年在《自然》上發(fā)表的論文曾對來自全球89個國家的代表了78萬份核心種質約95%遺傳多樣性的3010份水稻進行了重測序和大數(shù)據(jù)分析,但是此前的研究基于二代測序數(shù)據(jù)構建的水稻泛基因組存在基因組不完整和基因注釋不準確的缺點,這些問題在很大程度上可以通過長讀長測序(也稱為三代測序)技術解決。     相比此前由3000份水稻種質資源二代測序數(shù)據(jù)構建的泛基因組,此次研究構建的高質量泛基因組更加完整,包含879 Mb的非冗余新序列,涉及19,319個新的蛋白質編碼基因(2,132個新基因家族)。與二代測序數(shù)據(jù)相比,三代測序數(shù)據(jù)在檢測基因存在-缺失變異(PAV)時假陽性率更低,尤其是對于包含重復序列的基因。此外,檢測到14,471個PAV與多個農藝性狀有顯著關聯(lián),表明基因PAV對水稻表型變異可能具有重要貢獻。該研究獲得的高質量水稻基因組、泛基因組和基因PAV等資源,有利于促進水稻功能基因組研究,同時有助于深度挖掘基因組變異和優(yōu)良基因,對培育突破性的水稻新品種具有重要意義。     該研究由作科所與上海交通大學合作完成。作科所張帆副研究員和上海交通大學博士生薛泓漳為共同第一作者,作科所王文生研究員、徐建龍研究員和上海交通大學韋朝春教授為論文共同通訊作者,作科所黎志康研究員設計并參與了該項研究。研究得到國家自然科學基金、三亞崖州灣科技城海南省聯(lián)合項目、海南崖州灣種子實驗室項目、中國農業(yè)科學院創(chuàng)新工程和國家高層次人才支持計劃等項目支持。     原文鏈接:https://pubmed.ncbi.nlm.nih.gov/35396275/
 
(文/云推小編)
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