近日，北京市農林科學院玉米所在GigaByte期刊發表了題為 “A chromosome-level genome assembly forbid annotation of the maize elite breeding line Dan340” 的文章。該研究基于De novo三代測序PacBio技術手段，進行玉米重要自交系丹340基因組組裝和基本分析，獲得高質量基因組序列。經過嚴格評估，該基因組具備極高的完整性和連續性，其組裝和注釋不僅促進了對玉米種內基因組多樣性的理解，而且為玉米育種改良提供了新的資源。   　　玉米不僅是全世界重要的糧食、飼料和生物燃料作物之一，也是遺傳學和基因組學基礎研究的重要模式植物。由于其在作物科學、遺傳學和基因組學方面的重要性，研究人員已經發布了幾個玉米自交系的參考基因組，但在玉米育種研究中仍缺乏一些重要遺傳種質資源的基因組。丹340是旅大紅骨種群的骨干自交系之一，具有抗病、抗倒、配合力高及生育期適中等優點，對我國育種的發展與進步起著至關重要的作用。   　　研究人員通過全基因組De novo三代測序，基于PacBio測序平臺，對丹340進行基因組測序、拼接、組裝，從而獲得高質量全基因組序列信息。丹340基因組的最終組裝結果為2,348.72 Mb，包括2,738個contigs和2,315個scaffolds，N50分別為41.49 Mb和215.35 Mb。重復序列占基因組大小的73.40%，有39,733個蛋白質編碼基因被注釋。與B73、Mo17和SK的基因組進行比較分析的結果顯示，共獲得27,654個基因家族，其中359個基因家族中有1806個基因是丹340所特有的，其中許多基因具有與 “含卟啉化合物代謝過程”、“四吡咯生物合成過程 ”和 “四吡咯代謝過程 ”有關。同時 ，研究人員還獲得了丹340與其他玉米自交系之間的大量結構變異。丹340基因組的組裝和注釋不僅有助于我們了解玉米的種內基因組多樣性，而且還可以作為玉米育種改良的新資源。   　　該研究是北京市農林科學院玉米研究所與江蘇省農業科學院種質資源與生物技術研究所趙涵研究員課題組以及丹東農業科學院豐光研究員課題組合作完成，趙怡錕博士、王元琮副研究員和馬德博士為本文共同第一作者，我院趙久然研究員和王鳳格研究員為共同通訊作者。該研究得到我院創新能力建設專項的支持（KJCX20200305）。